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연구자료

[Jmol] 분자구조 그려주는 프로그램

과꾸로 (gguro) 2017.10.09 07:48

[Jmol] 분자구조 그려주는 프로그램


분자구조를 그릴 일이 있어서 Jmol이라는 프로그램을 깔았다. xcrysden을 설치해서 해 봤지만 서버와의 통신이 느릴 때는 너무 불편했다. (관련글)


Jmol site: http://jmol.sourceforge.net/





Java에서 돌아가는 프로그램이기 때문에 일단 Java를 설치해야 한다. 그리고 jmol.jar 를 실행하면 위와 같은 그림을 얻을 수 있다. 


위 그림에 사용한 분자구조 데이터는 아래와 같은 간단한 표로 되어있다. 첫 가로줄의 24는 원자의 갯수, 첫 세로줄에는 원자 종류, 나머지 세로줄 세 개에는 각 원자의 위치를 x, y, z 축 좌표로 표시했다. 단위는 옹스트롱(A)이라고 표시되어 있다.


  24

 units: A

      C                   -4.585889    0.226024   -0.000001

      C                   -3.708710    1.313953    0.000004

      C                   -2.326440    1.100724   -0.000004

      C                   -1.813744   -0.212200   -0.000003

      C                   -2.701456   -1.296455    0.000001

      C                   -4.082804   -1.077778   -0.000003

      H                   -5.655226    0.393298    0.000000

      H                   -4.099857    2.323183    0.000005

      H                   -2.319964   -2.309962   -0.000003

      H                   -4.763237   -1.919505    0.000000

      H                   -1.661299    1.954755    0.000001

      N                   -0.416267   -0.464957   -0.000001

      N                    0.416174    0.464495   -0.000002

      C                    1.813651    0.211851    0.000001

      C                    2.701216    1.296242   -0.000000

      C                    4.082584    1.077792   -0.000003

      C                    4.585854   -0.225939   -0.000003

      C                    3.708839   -1.314014    0.000003

      C                    2.326538   -1.100986   -0.000001

      H                    1.661513   -1.955122   -0.000000

      H                    2.319549    2.309681    0.000000

      H                    4.762878    1.919622    0.000004

      H                    5.655226   -0.393032    0.000002

      H                    4.100144   -2.323183   -0.000005


예쁘게 잘 그려준다. POV-ray로 내보내는 옵션도 있다.


생각해보니 그래핀 그릴 때 유용할 것 같다.




2017년 10월 9일

과꾸로

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