과꾸로

[Octopus] Tutorial 따라하기. 질소원자, 메탄분자 에너지 계산 Octopus라는 Time-Dependent Density Functional Theory (TDDFT) 계산 프로그램을 설치했었다. (설치후기) 설치하고 나서 Tutorial 첫번째 예제인 수소원자 에너지 준위 구하는 걸 해 보았다. 그리고 잠시 손을 놓고 있다가 다시 마음 먹고 Tutorial을 따라가보기 시작했다. (Octopus Tutorial 링크: http://octopus-code.org/wiki/Tutorial) Tutorial 2. 질소 원자 링크: http://octopus-code.org/wiki/Tutorial:Nitrogen_atom 1번 예제와 마찬가지로 ground state에서의 에너지 준위를 구하는..

[gnuplot] palette를 이용해 line graph 색깔 정하기 그래프 여러 개를 그릴 때, 조금씩 offset을 주고 색깔을 바꿔서 그리고 싶을 때가 있다. 그런데 색깔을 일일이 정해주자니 너무 귀찮은 거 아닌가. palette에 먼저 colormap을 설정해주고 거기서 line plot의 색깔을 가져오는 방법이 있는지 궁금했다. 그래서 찾아보니 멋지게 해 둔 사람이 있었다. http://www.ss.scphys.kyoto-u.ac.jp/person/yonezawa/contents/program/gnuplot/gradation.html 나도 똑같이 따라서 해 봤다. HSV라는 colormap을 써서 색깔을 정해주었다. 같은 그림을 그리려면 아래 gnuplot code를 사용하면 된다. #!/u..

[Vim-LaTeX] 윈도우즈에서 Vim으로 LaTeX 사용하기. MikTeX Vim으로 논문을 쓰면 뭔가 기분이 좋다. 근데 윈도우즈에서 Vim과 LaTeX을 연결하는 게 만만치가 않다. 한 번 해보자. http://vim-latex.sourceforge.net/ 일단 따라서 했고, compile을 위해서 \ll 을 눌러보았다. 그랬더니 에러가 뜬다. File `revtex4-1.cls' not found. revtex class file을 못 찾는다는 건데. 어디 있긴 있을텐데 흠... 참고: http://scientificandhpcomputing.blogspot.com.au/2010/09/install-revtex-41-into-miktex-28.html 없나보다. 일단 revtex4.1을 다운 ..

vim 사용자들은 다들 각자 선호하는 .vimrc 설정이 있게 마련이다. 나의 경우 리눅스에서 쓸 때는 링크처럼 설정한다. 윈도우즈용 gvim에서도 큰 차이는 없는데, backup을 안 쓰도록 설정한 부분이 다르다고 할 수 있다. guifont 부분 설정이 들어가고, colorscheme을 설정한 것도 차이점이라고 할 수 있다. 윈도우즈에서는 설정 파일이름을 _gvimrc 또는 _vimrc로 하고 C:\Users\Username 밑에 두면 된다. set tabstop=4set expandtab set background=dark highlight Function ctermfg=DarkGreenhighlight matlabOperator ctermfg=DarkGreenhighlight Statement c..

Time-Dependent Density Functional Theory 계산 도구인 Octopus를 깔아본다. 예전에도 한 번 깔았으니 이번엔 좀 쉽게 할 수 있겠지. (예전글: http://yongsop.tistory.com/57) 설치하려는 서버는# uname -aLinux SERVERNAME 4.4.0-53-generic #74-Ubuntu SMP Fri Dec 2 15:59:10 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 1.일단 gcc와 gfortran을 설치하고 시작. # apt-get install gcc# apt-get install gfortran 그리고 octopus-7.1을 받아서 설치 (설치매뉴얼 위키) ./configure를 하면 에러가 난다. lib..

Bloch boundary condition을 썼을 경우, k값에 따라 달라지는 mode 모양을 어떻게 그리는지무엇보다 한 주기에서 계산하고 여러 주기로 확장해서 field profile을 그리고 싶을 때는 어떻게 하는가. Planewave를 입사시켰을 때. k값을 어떻게 선택하는가? 아무것도 하지 않고 그냥 그렸을 때 자동으로 그려주는 건 무슨 조건인가? k가 0일 때인가? in plane k가 0이라고 하면, ...흠.... Image stitching 이라는 기술이 있다. https://kb.lumerical.com/en/layout_analysis_image_stitching.html 참고. 스크립트를 짜서 몇 주기를 보여준다. example 2번을 보면 Bloch Boundary를 썼을 때 어떻..

GNU octave 에서 image를 불러오는 함수는 imread이다. 근데 이걸로 16bit 또는 32bit Tiff 그림을 가져오려고 하면 error가 뜬다. (참고) warning: your version of GraphicsMagick limits images to 8 bits per pixel 해결 방법은 GraphicsMagick을 업그레이드 하는 것이다. GraphicsMagick http://www.graphicsmagick.org/ 설치할 때 이미지의 bit 설정을 바꿔서 configure를 해주면 된다. 즉, 16 또는 32로 quantum-depth를 설정한다. ./configure --with-quantum-depth=16 --enable-shared --disable-static ..

[Octopus] TDDFT 계산 프로그램, Linux home directory에 설치하기 예전 글: [Octopus] 설치하기. TDDFT 계산 프로그램. 받은 곳: http://octopus-code.org/wiki/Main_Pageversion: octopus 7.1 (octopus-7.1.tar.gz) 하다가 포기함 ㅡㅡ;;

multi-branch fitting을 이용해서 한다. i={0,1}real(Z(w)), imga(Z(w)) f(x,y) = (y==0) ? a*exp(-x/tau) : b*exp(-x/tau)fit f(x,y) 'datafile' using 1:-1:2:3 via a, b, tau

[Linux] 리눅스 Shell 명령어 cat을 이용해서 여러 파일 합치기 자료파일 data001.txt, data002.txt, ... , dat100.txt 가 있다고 할 때 그 파일들을 세로로 쭉 이어서 붙이려면, cat 명령어를 쓰면 된다. for ii in $(seq -f %03g 1 1 100)docat data${ii}.txtdone > data_all.txt 위와 같이 하면 모든 파일의 내용이 세로로 쭉 이어져 붙어서 data_all.txt 라는 파일에 저장되게 된다. 즉 data001.txt:001 001001 002 data002.txt:002 001002 002 일 때 data_all.txt:001 001001 002002 001002 002 가 된다. 만약 각 데이터마다 한 줄씩 띄..