과꾸로

Octopus라는 TDDFT용 공개 무료 프로그램을 설치해서 tutorial을 따라가고 있다. (설치후기, Tutorial 따라하기) 여태까지는 ground state를 계산하는 걸 했는데, 이번에는 시간에 따라 바뀌는 걸 해봤다. Time-dependent density functional theory인데 드디어 time dependence를 넣는 걸 해본다니 설렌다! Tutorial:Time-dependent run 튜토리얼 링크: http://octopus-code.org/wiki/Tutorial:Time-dependent_run 1. inp 파일 생성 시작은 늘 입력파일인 inp 파일을 생성하면서 시작한다. Tutorial에 있는대로 복사해서 붙인다. CalculationMode = gsUnits..

[Octopus] Tutorial 따라하기. 질소원자, 메탄분자 에너지 계산 Octopus라는 Time-Dependent Density Functional Theory (TDDFT) 계산 프로그램을 설치했었다. (설치후기) 설치하고 나서 Tutorial 첫번째 예제인 수소원자 에너지 준위 구하는 걸 해 보았다. 그리고 잠시 손을 놓고 있다가 다시 마음 먹고 Tutorial을 따라가보기 시작했다. (Octopus Tutorial 링크: http://octopus-code.org/wiki/Tutorial) Tutorial 2. 질소 원자 링크: http://octopus-code.org/wiki/Tutorial:Nitrogen_atom 1번 예제와 마찬가지로 ground state에서의 에너지 준위를 구하는..

Time-Dependent Density Functional Theory 계산 도구인 Octopus를 깔아본다. 예전에도 한 번 깔았으니 이번엔 좀 쉽게 할 수 있겠지. (예전글: http://yongsop.tistory.com/57) 설치하려는 서버는# uname -aLinux SERVERNAME 4.4.0-53-generic #74-Ubuntu SMP Fri Dec 2 15:59:10 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux 1.일단 gcc와 gfortran을 설치하고 시작. # apt-get install gcc# apt-get install gfortran 그리고 octopus-7.1을 받아서 설치 (설치매뉴얼 위키) ./configure를 하면 에러가 난다. lib..

[Octopus] 설치하기. TDDFT 계산 프로그램. http://www.tddft.org/ Time-Dependent Density Functional Theory (TDDFT) 계산 프로그램인 Octopus를 Ubuntu Virtual Box 에다가 설치하는 방법을 적어둔다. 1. 설치방법 설명서를 따라 설치한다. (설명서 위키) $ tar xzf octopus-5.0.1.tar.gz $ cd octopus-5.0.1 $ ./configure $ make $ make install 압축풀고, 늘 하듯이 (1) ./configure, (2) make, (3) make install 하라는 말임. 흐흐. 2. Fortran 90 compiler에서 막혀서 못 하고 있음. ㅋㅋㅋㅋ ㅡㅡ;;; 어쩔까 하다..

[TDDFT] Time-Dependent Density Functional Theory Time-Dependent Density Functional Theory를 소개한 영상이 있어서 공유한다. 배경지식이 전혀 없으면 알기 어렵지만, 그래도 대략적으로 무슨 이야기를 하는지는 감을 잡을 수 있다. Time-independent 슈뢰딩거 방정식에 radiation term을 넣어서 시간의존형으로 만드는 것처럼 Density Functional Theory에도 같은 방법을 적용할 수 있다는 설명. 결론은, Density Functional Theory부터 제대로 알아봐야겠다. 위 영상은 University of Minnesota 강의를 녹화한 것이라고 한다. 해당강의에 사용된 슬라이드는 http://pollu..