과꾸로

Octopus라는 TDDFT용 공개 무료 프로그램을 설치해서 tutorial을 따라가고 있다. (설치후기, Tutorial 따라하기) 여태까지는 ground state를 계산하는 걸 했는데, 이번에는 시간에 따라 바뀌는 걸 해봤다. Time-dependent density functional theory인데 드디어 time dependence를 넣는 걸 해본다니 설렌다! Tutorial:Time-dependent run 튜토리얼 링크: http://octopus-code.org/wiki/Tutorial:Time-dependent_run 1. inp 파일 생성 시작은 늘 입력파일인 inp 파일을 생성하면서 시작한다. Tutorial에 있는대로 복사해서 붙인다. CalculationMode = gsUnits..

궁금하지 않은가? 그네 타는 법은 다 알지. 너도 알고 나도 알고, 5살짜리 꼬마도 아니까. 근데... 대체 왜 올라가는 거지? 그러니까, 넌 어떻게 올라갔니? 1. 어떻게 움직이는지, 알고 있나? 혼자 곰곰이 생각을 해 봤는데, 이게 뭔가 생각보다 간단하지 않더라고요. 질량중심이 움직이는 것도 한 이유일텐데, 그것만 가지고는 뭔가 설명이 부족한 것 같았습니다. 그래서 찾아봤습니다. 그네타기의 원리. 물론 뒤에서 밀어주는 경우 말고요, 혼자서 무릎을 굽혔다 폈다 하면서 올라가는 경우입니다. How Do You Go Up in a Swing? 이라는 제목의 글을 찾았습니다. How Do You Go Up in a Swing? 링크: http://www.physicsinsights.org/up_in_a_sw..

Game of Thrones. 왕좌의 게임. 많이들 좋아하시죠? 저도 한동안 빠져 살았는데요, 그래서 드라마도 두 번씩 보고, 책도 읽고, 인터넷에서 관련자료도 많이 찾아봤습니다. 드라마와 함께 보면 재밌을만한 것들을 몇 개 공유하려 합니다. 1. 랩, 힙합 왕좌의 게임을 주제로 노래를 만든 사람들이 꽤 있는데요, 아무래도 어두운 분위기의 드라마라 그런지 힙합이나 랩 장르가 많습니다. 많은 곡이 있지만 그 중에 제 마음에 쏙 들었던 몇 곡만 공유합니다. (1) Dominik Omega - Arya's Prayer 아리아 스타크 정말 멋지죠. 참 좋아하는 캐릭터입니다. 아리아의 이야기를 도미닉 오메가라는 랩퍼가 곡으로 만들었는데 명곡입니다. 후렴구에는 역시 아리아의 death list가 들어갑니다. Wat..

늙는다는 건 뭘까요? 왜 죽는 걸까요? 사람은 당연히 늙는다고 생각했습니다. 그리고 죽겠죠. 그런데 늙는다는 건 뭘까요? 생각해보면 꼭 당연한 건 아닌 것 같습니다. 왜 늙는 걸까요? 그리고 왜 죽는 걸까요? 그래서 한 번 찾아봤습니다. 그랬더니 AsapSCIENCE 에서 좋은 영상으로 잘 설명 해두었더군요. 핵심은 chromosome에 telomere라는 여분의 꼬리가 있는데, 그게 세포분열을 할 때마다 조금씩 줄어들어서 결국에는 없어진다는 얘기입니다. 그게 다 없어지면 더 이상 세포분열을 하지 않는 거죠. 세포가 더 이상 분열하지 않으면 ... 네 죽는 거죠. 우리는 죽게 프로그램 되었다고 합니다. ㅎㅎ 염색체의 모양인데요, 텔로미어라는 여분의 꼬리가 달려있습니다. 사람에게는 46개의 염색체가 있죠...

latexdiff 라는 명령어는 LaTeX 문서의 수정내용을 비교해서 보여주는 도구로 LaTeX 으로 논문을 쓰고 수정할 때 매우 유용하다. 윈도우즈에 설치해서 사용하고 있는데, 설치는 오래전에 해서 잘 기억이 나지 않는다. ㅡㅡ;;; 아래 링크를 보고 따라했던 것 같다. 설치방법: https://tex.stackexchange.com/questions/106785/installation-usage-of-latexdiff-on-windows-7 설치하고나면 해당 디렉토리에 가서 latexdiff old.tex new.tex > change.tex 라고 치면 된다. 윈도우즈니까 커맨드 창에서 저렇게 치면 된다는 뜻. 그렇게 해서 생성된 change.tex를 LaTeX으로 compile 해서 보면 다음과 같..

[유튜브] Shape of You (Ed Sheeran) 그리고 The Molecular Shape of You (A Capella Science) 1. Shape of You Ed Sheeran의 Shape of You라는 노래는 꽤나 유명해서 아는 사람도 많겠죠. 저도 요즘 즐겨 듣는 노래입니다. 뮤직비디오와 가사영상의 두 가지 버전이 유튜브에 있는데요, 저는 가사영상을 더 선호합니다. 이렇게 생겼습니다. 노래도 참 좋아요. ^^ 시작할 때 나오는 기호는 나눗셈 기호인데, 꼭 "응" 처럼 보입니다. (Ed Sheeran의 한글사랑 (응?)) 2. The Molecular Shape of You 근데 이 노래를 패러디한 곡이 있습니다. A Capella Science라고 과학에 관련된 내용으로 노래를 ..

최다인용 1저자 따라가기 놀이 (feat. 구글 스칼라) 내 논문 중 가장 많이 인용된 논문의 1저자는 내가 아니다. 구글 스칼라는 기본옵션으로 피인용숫자를 기준으로 정렬해서 논문을 보여주는데, 그 때 프로필 주인의 이름과 최다인용된 논문(맨 위에 표시된 논문)의 1저자의 이름이 다를 경우 1저자를 찾아서 따라가보는 걸 해 봤다. 일단 내 프로필로 시작해보자. - Yongsop Hwang (link) 2017년 10월 25일 현재 피인용수 45회로, 최다 인용된 논문의 1저자는 KY Jeong 이라고 표시된 걸 알 수 있다. KY Jeong은 현재 가천대학교에 있는 정광용 교수님이다. 그 분의 프로필을 찾아가보자. - Kwang-Yong Jeong (link) 따라왔던 논문은 두번째로 많이 인용된 논문으..

[Jmol] 분자구조 그려주는 프로그램 분자구조를 그릴 일이 있어서 Jmol이라는 프로그램을 깔았다. xcrysden을 설치해서 해 봤지만 서버와의 통신이 느릴 때는 너무 불편했다. (관련글) Jmol site: http://jmol.sourceforge.net/ Java에서 돌아가는 프로그램이기 때문에 일단 Java를 설치해야 한다. 그리고 jmol.jar 를 실행하면 위와 같은 그림을 얻을 수 있다. 위 그림에 사용한 분자구조 데이터는 아래와 같은 간단한 표로 되어있다. 첫 가로줄의 24는 원자의 갯수, 첫 세로줄에는 원자 종류, 나머지 세로줄 세 개에는 각 원자의 위치를 x, y, z 축 좌표로 표시했다. 단위는 옹스트롱(A)이라고 표시되어 있다. 24 units: A C -4.585889 0.22..

[Ubuntu] X-windows 설정하기: Putty + Xming Xforward 1. 우분투 서버쪽 일단 서버쪽에 X에서 돌아가는 프로그램을 깔아야 하는데. apt-get install x11-apps 을 깔면 xclock 을 해주는 것 같다. 참고: http://manpages.ubuntu.com/manpages/zesty/man5/sshd_config.5.html x11forward 를 이용하는 방법을 써 보자. 일단 xauth를 깐다. apt-get install xauth /etc/ssh/sshd_config 에 밑에 것들을 넣어준다. X11Forwarding yesX11DisplayOffset 10X11UseLocalhost yesXAuthLocation /usr/bin/X11/xauth ..

[Octopus] Tutorial 따라하기. 질소원자, 메탄분자 에너지 계산 Octopus라는 Time-Dependent Density Functional Theory (TDDFT) 계산 프로그램을 설치했었다. (설치후기) 설치하고 나서 Tutorial 첫번째 예제인 수소원자 에너지 준위 구하는 걸 해 보았다. 그리고 잠시 손을 놓고 있다가 다시 마음 먹고 Tutorial을 따라가보기 시작했다. (Octopus Tutorial 링크: http://octopus-code.org/wiki/Tutorial) Tutorial 2. 질소 원자 링크: http://octopus-code.org/wiki/Tutorial:Nitrogen_atom 1번 예제와 마찬가지로 ground state에서의 에너지 준위를 구하는..